Jalur biosintesis metabolit sekunder dalam tumbuhan dapat dibagi menjadi 3 jalur yaitu: 1. Jalur asam asetat (Acetate Pathway) 2. Jalur asam sikimat (shikimic acid pathway) 3. Jalur asam mevalonat dan deoksisilulosa (mevalonate acid and deoxyxylulose pathway) Gambar 1. Jalur biosintesis metabolit sekunder 1) Jalur Asam Asetat Asetil KoA dibentuk oleh reaksi dekarboksilasi oksidatif dari jalur glikolitik produk asam piruvat. Asetil Ko-A juga dihasilkan oleh proses β-oksidasi asam lemak, secara efektif membalikkan proses dimana asam lemak itu sendiri disintesis dari asetil-KoA. Metabolit sekunder penting yang terbentuk dari jalur asetat meliputi senyawa fenolik, prostaglandin, dan antibiotik makrolida, serta berbagai asam lemak dan turunan pada antarmuka metabolisme primer / sekunder. 2) Jalur Asam Sikimat Asam shikimat diproduksi dari kombinasi fosfoenolpiruvat, jalur glikolitik antara,dan erythrose 4-fosfat dari jalur pentosa fosfat. Reaksi siklus pentosa fosfat dapat digunakan untu